労働者健康福祉機構は、アスベスト、産業中毒、せき髄損傷などの労災疾病を始めとする勤労者の職業生活を脅かす疾病に関して、働く人の視点に立って被災労働者などが早期に職場復帰し、疾病の治療と職業生活の両立が可能となるような支援（＝勤労者医療）や産業保健関係者への支援を推進するほか、未払賃金立替払事業などの働く人々の福祉事業を通じて、労働者の健康と福祉の増進に努めます。
このため、機構では、労災病院、吉備高原医療リハビリテーションセンター、総合せき損センター、産業保健推進センター、労災リハビリテーション作業所などの運営を行うことにより、
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① |
労災疾病等に関する予防から診断、治療、リハビリテーション、職場復帰に至る一貫した高度・専門的医療の提供 |
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② |
近年増加している「作業関連疾患」への対応、早期職場復帰と両立支援（治療と職業生活の両立支援のための保健医療の提供） |
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③ |
これらを支える労災疾病研究とモデル予防法・モデル医療技術の開発・普及 |
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④ |
産業保健関係者（職域関係者）とのネットワークを通じた知見の普及、産業保健活動の推進 |
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⑤ |
国の労災補償行政の適正な運営に対する積極的な貢献 |
等の役割を果たしています。
また、未払賃金立替払事業については、企業倒産により賃金未払いの退職した労働者に対して、「賃金の支払の確保等に関する法律」に基づき、機構が未払賃金の立替払を行っています。